Сегодня музей – это 18 залов постоянных экспозиций, более 25 выставок ежегодно, свыше 60 тысяч посетителей, 43 преданных делу сотрудника.
В фондах музея, вторых по величине в крае, числится более 140 тыс. исторических артефактов и 20 тысяч книг, из них редких ~ 3000 томов. Самые ранние датируются XVII веком. В отделе истории можно увидеть саркофаг, котел, оружие из скифских курганов, предметы культа алтайских шаманов; оригинальное искусство старинного художественного литья из чугуна, буддийской скульптуры; коллекции часов и самоваров; уникальные образцы холодного и огнестрельного оружия, в том числе пехотное кремневое ружье образца 1808 года, с гравировкой “Высокомонаршею рукою Император Александръ I-й соизволил ковать сей ружейный стволъ на Ижевском заводе 1824-го года октября 5-го дня”.
Все эпохи, все народы оставили свой материальный след в фондах музея, в его экспозициях. Фонд археологии составляет более 70000 единиц. Собрана лучшая коллекция деревянной резьбы в Сибири.
Сформирована единственная в своем роде коллекция Алтайских петроглифов, насчитывающая более 300 картин разных эпох, сюжетов, разнообразных стилей и техники.
В отделе «Музей Чуйского тракта» представлены все климатические зоны Алтая, редкие виды животных, птиц, растений. Сам тракт представлен от вьючной тропы до современной автомагистрали Р-256, от купцов-чуйцев до известных людей, жизнь и творчество которых тесно связаны с трактом (Обручев и Потанин, Рерих и Сапожников, Шукшин и Евдокимов, Шишков).
В Выставочном зале проходят выставки местных художников, раз в два года устраиваются городские художественные выставки Бийского отделения Союза художников. Сегодня Выставочный зал остается единственным местом, где бийчане и гости города могут познакомиться с произведениями изобразительного искусства. В фондах художественного отдела хранится более одной тысячи произведений изобразительного искусства — живопись, графика, скульптура и ДПИ. Работы художников России, Алтайского края, Бийска и Республики Алтай. Министерством культуры РСФСР художественному отделу музея в 1966 году было передано 350 произведений живописи графики и скульптуры советских художников от дирекции художественных выставок и панорам (г. Москва), которая стала значительной фондовой коллекцией.
